La Dirección del CIMA se compone de:

• Director general 
• Director gerente
• Director de Administración

Cada área tiene un director de Investigación:

• Director de Oncología
• Director de Neurociencias
• Director de Ciencias Cardiovasculares
• Director de Terapia Génica y Hepatología

Existen 2 unidades de apoyo con director propio:

• Director de Proteómica, Genómica y Bioinformática
• Director de Imagen